Les zones humides sont des « terrains exploités ou non, habituellement inondés ou gorgés d’eau douce, salée ou saumâtre de façon permanent ou temporaire ; la végétation, quand elle existe, y est dominée par des plantes hygrophiles pendant au moins une partie de l’année » (code de l’environnement)
Les zones humides constituent un patrimoine naturel exceptionnel, en raison de leur richesse biologique (zone favorable à la reproduction de nombreuses espèces) et des fonctions naturelles qu’elles remplissent (autoépuration de l’eau, atténuation de l’effet des crues, soutien d’étiage…).
Elles représentent, par ailleurs, un terrain propice au développement touristique et aux activités de loisirs, et jouent ainsi un rôle épuratoire et de zone tampon face à la pression anthropique grandissante.
Les zones humides ne constituent pas des masses d’eau au sens de la DCE, et ne sont donc pas suivies par un réseau au même titre que les cours d’eau ou les eaux littorales. Toutefois, elles jouent un rôle important dans la régulation des systèmes aquatiques, tant du point de vue qualitatif que quantitatif, et contribuent donc à l’atteinte du bon état des masses d’eau. Les trois zones reconnues d'importance internationale (zones RAMSAR) sont présentées dans l'état des lieux du district 2013.
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Un état des lieux des connaissances a été réalisé par le BRGM en décembre 2009. Il montre que les recherches réalisées sur les zones humides en Guyane traitent essentiellement des fonctions écologiques au sens large, principalement biologiques et faunistiques. Elles n’intègrent pas ou peu les questions d’ordre économique ou sociologique. De plus, les études réalisées sont principalement mono disciplinaires, ponctuelles dans le temps et l’espace.
Par ailleurs, plusieurs travaux de cartographie ont été réalisés sur le littoral guyanais, selon des approches différentes : cartographie réalisée par l’IRD en 1999, cartographie par l’ONF de l'occupation du sol de la totalité de la bande littorale sur 3 années (2001, 2005 et 2008), données issues du projet de cartographies des littoraux amazoniens (PROCLAM) réalisé par l'IRD en 2009, cartographie des zones humides de l'agglomération de Cayenne par télédétection selon une méthodologie développée en 2010 par la DIREN et le CEMAGREF.